AFLP(amplified fragment length polymorphism)

AFLP는 PCR기법을 이용하여 유전체 내의 여러 DNA 조각을 증폭하고 이것을 전기영동을 이용하여 관찰하는 기법이다. PCR 조건에 따라 민감하게 차이를 보이는 RAPD보다 재현성(reproducibility)이 좋으며 매우 많은 좌위를 한 번의 PCR로 관찰할 수 있다는 장점을 가진다.

AFLP는 DNA를 특정 제한효소를 이용하여 자른다. 일반적으로 서로 다른 두 종류의 제한효소로 자른다. 잘려진 양끝은 sticky ends를 보이는 데 여기에 인위적으로 제작한 linker를 붙여준다.

 

Linker에 있는 염기서열을 이용하여 제작된 PCR 프라이머를 이용하여 preamplification을 한다. 그런데 preamplification에 쓰이는 PCR 프라이머는 linker의 염기서열뒤쪽으로 임의의 염기서열을 하나 추가하여 제작된다. 이렇게 함으로써 증폭되는 조각의 수를 줄일 수가 있게 된다.

이것은 두 번째 증폭인 selective amplification에도 적용되는 데 이때는 이전의 primer에 임의의 염기서열을 세 개를 더 붙인다. 다양한 조합의 염기서열이 추가될 수 있는데 일반적으로 여러 조합을 시험해보고 가장 좋은 결과가 나타나는 조합을 이용하거나 여러 조합의 데이터를 종합하기도 한다.

이렇게 증폭된 조각들은 전기영동을 통해 여러 개의 밴드로 나타나게 되는데 집단 내의 개체 사이에 얼마나 많은 밴드를 공유하느냐에 따라 유전적 유사도를 비교할 수 있다.

공우성분자마커(codominant molecular marker)에 비해 우성분자마커(dominant molecular marker)이기 때문에 정보의 양은 적을지 몰라도 AFLP방법은 상대적으로 값사며, 간단한 방법을 이용하여 쉽게 유전적 다양도를 측정할 수 있다는 장점을 지니고 있어 집단유전학에서 인기 있는 분자마커이다.