DEPC (Diethylpyrocarbonate) water

DEPC-treated water: DEPC는 NH2, SH, OH group들을 modify하여 RNase를 비롯한 여러 protein의 enzyme activity를 불활성화시킨다. DEPC처리는 매우 효과적인 방법으로, RNA와 접촉할 solution을 처리하는 데에 유용하다. Ambion의 DEPC-treated water는 packing 전에 한 번, 후에 한 번 모두 autoclave를 하여, 확실한 멸균 처리 및 DEPC의 완전한 inactivation을 보장한다.

 

DEPC interacts with the active site histidine residue of RNAse and irreversibly inactivates RNAses.

 

DEPC: 현재까지 거의 대부분의 실험지침서에서 RNA 분리 및 관련 실험에는 RNA 분해효소의 억제제인 DEPC가 처리된 시약을 사용하도록 되어 있다. DEPC는 발암물질로 추정되므로 다루는 과정에서 항상 조심하도록 한다.

 

증류수를 DEPC로 처리할 경우에는 DEPC를 0.1%(v/v)로 증류수에 첨가한 후 하룻밤동안 stirring bar를 이용하여 계속 섞으면서 열을 가한다. 다음날 아침 증류수에서 DEPC 냄새가 나지 않으면 멸균하여 사용한다.

 

DEPC가 용액 내에 남아 있으면 안된다. 또한 대부분의 용액은 용액을 모두 만들어 DEPC를 처리해도 되지만, Tris 등의 용액은 용액 속에 직접 DEPC를 넣으면 안되고 DEPC 처리한 증류수로 만들어야 한다.

 

이러한 불편한 방법의 시약준비가 RNA 실험에서 반드시 필요한 과정이 아니라는 획기적인 사고의 변환이 1994년 발간된 “Basic Methods in Molecular Biology” 실험서에 언급되어 있다(Davis et al., 2nd ed., Prentice-Hall international Inc., London, 1994, pp. 321).